Главная героиня Джоди с рождения связана со сверхъестественной бесплотной сущностью по имени Айден, наделённой невероятными способностями. По мере взросления она постепенно учится контролировать Айдена и их общие силы. Каждое ваше решение в игре будет определять дальнейшую судьбу Джоди на пути к пониманию своей необычной природы.

Позволяя управлять как самой Джоди, так и Айденом, разработчики Beyond: Two Souls дают возможность принять вместе с героиней все физические и психологические вызовы, с которыми ей приходится сталкиваться на своём пути. Именно это поможет понять, что же на самом деле находится за пределами привычной реальности.